云木香一般播種后第3年便可收獲，若栽培的土壤肥沃，管理得好，播種2年也可以收獲。耕種幫種植網建議種植3年采收，此時根的質量最好，產量亦高。通常在每年9月上旬至10月下旬采收為宜。收獲時宜選擇晴天進行，先割除地上的莖葉，挖出全根，抖去泥土，忌水洗，然后用刀切去根上的莖葉，以待加工。
一般種后2-3年采收，通常于9-10月莖葉枯黃后，割去莖桿，進行采挖。挖出后，梢晾，切勿使云木香接觸霜凍。抖掉泥土(忌水洗)，切成8-12厘米的小節，然后曬干，裝入麻袋內撞去須根、粗皮即為商品。陰雨天可用微火烘干。但要注意勤翻，以防泛油或炕枯，影響質量。
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