種質不清
種質是決定中藥材質量的內在因素，不同種質的藥材成分、藥效不盡相同，甚至差異很大。在藥材品種方面，以往有一定的研究，例如，我國藥典收載的大黃為掌葉大黃、唐古拉大黃和藥用大黃，秦艽收載了秦艽、麻花秦艽、山秦艽和粗莖秦艽。但是，對一些品種的變種則研究不夠。一些專家研究表明，我國藥材的化學多樣性比較常見，即存在不同的化學型，例如野生薄荷有薄荷酮型、胡薄荷酮型、香芹型等六個化學型，藥用質量差距很大。此外，資源科學化學的發展，正在為區分不同種質藥材之間不同化學成分提供更科學的依據。但是，與種質客觀差異相對應的實際情況是：不加區別的采挖、種植、使用，藥材內在的質量不可避免地存在先天不足。
科學的種植、加工技術被忽視
藥材是供藥用的特殊商品，優良的栽培、加工技術才能保證藥材的內在質量，因此在栽培年限、采收部位、采收期和加工方法等方面都有相應的要求。但是為了片面追求經濟利益，這些技術往往被忽視，較為典型的例子是“殺青”。大黃不是要六年后采挖、黃芪不是要栽培五至七年嗎？等不及了，縮短為三年。黨參現在也改為兩年采挖，而且連手揉板搓的工序也省略了。
藥材種植遇到“農殘”問題
“農殘”問題是隨著藥材種植業的不斷擴大而逐步受到重視的。種植業必然會遇到病蟲害的問題，藥材也不例外，例如人參有黑斑病、枸杞有蛀蛾等等。在目前實際防治中，由于缺乏規范管理，經常不顧毒性，濫用農藥。如種植枸杞時使用呋喃丹、1605等劇毒農藥，甚至在采果期使用。最近有報道指出，美國在人參樣品中檢出農藥殘留五氯基甲苯，已向FDA報告。原本用農藥防治病蟲害無可厚非，但濫用農藥已嚴重影響到藥材的藥用安全性，就必須嚴肅對待、管理了。
藥材質量科研工作有待加強
藥材質量科研工作不足有兩方面：其一，對藥材標準的研究，因其成分的復雜和用藥機理的復雜，制定定性、定量標準在目前還有很大困難。其二，藥材生產如何規范化研究，缺乏這樣的研究，也就無法從藥材質量形成的角度有目的地穩定質量、提高質量。標準的研究和規范的研究是相輔相承的，由于我國藥材生產情況復雜，更需要藥材質量科研工作對藥材生產進行規范化、標準化的研究，提供質量穩定的藥材，促進藥材標準科學、合理。
野生藥材質量下降
長期以來，不同程度的掠奪性采挖，給野生藥材資源帶來了極大損害，許多藥材不僅數量稀缺而且質量下降。許多藥材特別是貴重藥材往往是“越貴越采，越采越少，越少越差”。以杜仲、厚樸、黃柏三種木質藥材為例，不分大小亂砍亂伐，甚至連收樹種的成年樹都所剩無幾。還有野麝，幾乎被一網打盡，現在麝香的質量連科研需要都很難滿足。再如西藏蟲草，現在價格漲到每斤幾千元，質量明顯不如以前。
