（一）支農(nóng)政策整合缺乏統(tǒng)籌規(guī)劃

近年來，支農(nóng)資金整合取得了一定的階段性成效。但是，這種自上而下與自下而上雙向融合的改革大都屬于捆綁式、外延式，有量的擴張，但質(zhì)的飛躍仍顯不足。目前一些中西部地區(qū)的資金整合縣并沒有明確重點發(fā)展方向和領(lǐng)域，對現(xiàn)代農(nóng)業(yè)仍然沒有一個清晰的發(fā)展規(guī)劃。資金整合后“錢要投到哪里去”，“投到哪里去效益才最大”，“投完這一年度，下一年度又該投到哪里”，這些關(guān)乎資金整合投向的重大問題普遍沒有規(guī)劃好。

（二）財政支農(nóng)資金管理效率不高

管理能否跟上是制約支農(nóng)政策效果的關(guān)鍵因素之一。現(xiàn)階段，財政支農(nóng)資金在事前、事中、事后三方面的項目管理都顯得相對薄弱。首先，財政涉農(nóng)資金使用普遍缺乏必要的事前論證。其次，項目實施尚沒有建立起一套完整的事中監(jiān)督制度，沒有約束力的事中管理難以確保項目順利實施。第三，一些地區(qū)項目的事后績效考評機制仍為空白，有些地方盡管設(shè)置了事后績效考評環(huán)節(jié)，但考評流程不規(guī)范、不科學(xué)，考評結(jié)果未公開，也使得考評效果大打折扣。

（三）財政支農(nóng)政策難以及時有效落實

近年來，我國各級財政相繼出臺了一系列扶農(nóng)、惠農(nóng)、強農(nóng)政策，整體取得了良好成效，但是部分地區(qū)，特別是西部一些偏遠貧困地區(qū)的基層財政難以及時有效落實政策。這突出表現(xiàn)在兩個方面。其一，地方財政對“三農(nóng)”投入總量達不到法定支出增長要求。其二，取消主產(chǎn)區(qū)糧食風(fēng)險金地方配套，取消病險水庫除險加固、農(nóng)村飲水安全地方配套等中央已經(jīng)出臺的惠農(nóng)政策在基層并沒有及時執(zhí)行。

（四）“最后一公里”問題

長期以來在“三農(nóng)”領(lǐng)域一直存在“最后一公里”問題。究其根源，主要是體制機制方面的原因。從財政體制的視角來看，涉農(nóng)服務(wù)基本都是以專項轉(zhuǎn)移支付的形式撥付下來的，鄉(xiāng)和村只有執(zhí)行的責(zé)任，而沒有根據(jù)自身的實際情況調(diào)整的權(quán)利。