農藥登記許可工作在嚴格遵循有關法律法規基礎上，先后制定出臺了《農藥登記審批工作管理辦法》、《農藥登記評審責任追究規定》、《農藥登記審查技術規范》、《農藥登記資料管理辦法》等一系列制度規范，并實行嚴格的受理、評審、審批“三權分立”制度，形成了相互監督、相互制約的審批機制，極大地提高了審批工作的科學化、規范化水平。
在堅持“科學評審，民主決策”的原則下，農藥登記許可建立了地方農業主管部門初審、農業部綜合辦公大廳統一受理、農業部農藥檢定所技術檢驗、專家評審委員會集體審評、種植業司依法審批等各自獨立、相互監督的審批機制。同時將技術評審工作具體細化為24個環節，并根據其工作量合理確定評審時限。
為切實解決農藥商品名稱混亂、臨時登記產品多、登記門檻較低等問題，2007年出臺了農藥管理六項規定，進一步嚴格農藥登記審查，規范農藥標簽管理，取消農藥商品名稱，提高市場準入門檻。經過三年的實施，臨時登記和分裝登記逐漸減少，正式登記大幅增加；高毒農藥所占比重顯著下降，低毒、微毒農藥產品比例明顯提高；農藥產品淘汰機制進一步完善，高風險農藥品種逐漸退出或被限制使用；“一藥多名”和標簽不規范問題基本解決，農藥產品質量明顯提高。
加大農藥登記信息公開力度，建立農藥登記電子審批平臺和農藥綜合查詢系統，幫助農藥管理、生產、經銷及使用者通過21種查詢方式，及時便捷地查詢到各類農藥登記管理信息，不僅使企業實時了解審批結果，同時幫助農技人員和農民及時了解農藥的相關知識，提高科學用藥水平，實現了管理部門與企業間無障礙溝通。
在充分調研、廣泛征求意見的基礎上，研究制定了《農藥田間試驗網上審批工作規范》，設計開發了農藥田間試驗網上審批系統，初步實現了農藥登記從申報、受理、辦理到辦結的全程網上運轉和動態管理。目前，試點省份已由江蘇擴大到上海、江蘇、浙江、安徽、江西、山東等6個省市，審批時間縮短了1/3以上，受到了廣大農藥企業的熱烈歡迎和充分肯定。
