辦公廳：負責處理機關日常事務，籌備組織重要會議、活動；組織起草委部有關文件文稿；督促檢查有關工作部署的落實情況；負責機關對外聯絡工作等。

組織部：負責紀檢監察系統領導班子建設、干部隊伍建設和組織建設的綜合規劃、政策研究和制度建設；按照干部管理權限承辦有關干部人事工作；負責紀檢監察系統干部培訓工作等。

宣傳部：組織協調黨風廉政建設和反腐敗宣傳教育以及廉政文化建設工作；歸口管理機關承擔宣傳教育職能的單位；負責機關的新聞事務和有關網絡信息工作等。

研究室：綜合分析黨風廉政建設和反腐敗工作情況，開展政策理論及重大課題調查研究；起草重要文件文稿等。

法規室：負責提出紀檢監察法規制度建設規劃、計劃和立法建議；起草、修訂紀檢監察法規制度；負責紀檢監察法規制度的咨詢答復、解釋、立法后評估、備案審查、清理、編纂等。

黨風政風監督室（國務院糾正行業不正之風辦公室）：綜合協調貫徹執行黨的路線方針政策和決議、國家法律法規等情況的監督檢查；綜合協調黨風廉政建設責任制、作風建設規定、廉潔自律規定等制度規定的落實，開展黨風政風監督專項檢查；履行國務院糾正行業不正之風辦公室職能等。

信訪室：受理對黨組織、黨員和監察對象違反黨紀政紀行為的檢舉、控告；按照管理權限受理不服黨紀政紀處分和其他處理的申訴；處理群眾來信來訪和電話網絡舉報事項等。

中央巡視工作領導小組辦公室：研究提出中央巡視工作規劃、計劃和方案；負責中央巡視組開展巡視的有關協調工作；向中央巡視工作領導小組報告巡視工作重要情況；承擔巡視工作政策研究、制度建設工作等。

案件監督管理室：集中管理干部問題線索；統一受理下級紀檢監察機關線索處置和案件查辦報告；歸口管理查辦案件工作中與有關部門的聯系協調事項；監督檢查紀檢監察機關依紀依法安全辦案情況等。

第一紀檢監察室至第五紀檢監察室：監督檢查聯系單位領導班子及中管干部遵守和執行黨章以及其他黨內法規，遵守和執行黨的路線方針政策和決議、國家法律法規等方面的情況；監督檢查聯系單位落實黨風廉政建設主體責任、監督責任的情況；承辦聯系單位中管干部的違紀違法案件和其他比較重要復雜案件的初核、審查；綜合、協調、指導聯系單位及其系統的紀檢監察工作等。其中，一室主要聯系中直、政法和宣傳口的單位等；二室、三室主要聯系國務院部門和其他相關單位等；四室主要聯系金融口的單位等；五室主要聯系國資委和央企等。