第六紀檢監察室至第十二紀檢監察室：監督檢查聯系地區省級領導班子及中管干部遵守和執行黨章以及其他黨內法規，遵守和執行黨的路線方針政策和決議、國家法律法規等方面的情況；監督檢查聯系地區落實黨風廉政建設主體責任、監督責任的情況；承辦聯系地區中管干部的違紀違法案件和其他比較重要復雜案件的初核、審查；綜合、協調、指導聯系地區的紀檢監察工作等。其中，六室聯系北京市、天津市、河北省、山西省，七室聯系上海市、浙江省、安徽省、福建省、江西省，八室聯系湖南省、廣東省、廣西壯族自治區、海南省及中央人民政府駐香港特別行政區聯絡辦公室、中央人民政府駐澳門特別行政區聯絡辦公室，九室聯系陜西省、甘肅省、青海省、寧夏回族自治區、新疆維吾爾自治區及新疆生產建設兵團，十室聯系內蒙古自治區、遼寧省、吉林省、黑龍江省，十一室聯系重慶市、四川省、貴州省、云南省、西藏自治區，十二室聯系江蘇省、山東省、河南省、湖北省。

案件審理室：審理委部直接檢查處理和省（部）級黨組織、政府（部門）報批或備案的案件；按照管理權限承辦黨員、監察對象的申訴案件；承擔監察部的行政復議工作等。

紀檢監察干部監督室：監督檢查紀檢監察系統干部遵守和執行黨章以及其他黨內法規，遵守和執行黨的路線方針政策和決議、國家法律法規等方面的情況；按照管理權限受理有關紀檢監察干部違紀違法問題的舉報，負責問題線索初核及案件審查工作等。

國際合作局（國家預防腐敗局辦公室）：承擔國際交流與合作事宜；承擔國家預防腐敗局辦公室的日常工作，組織《聯合國反腐敗公約》實施工作；歸口管理機關外事工作等。

機關事務管理局：負責機關后勤管理和服務工作；負責機關及直屬單位財務、國有資產管理和安全保衛工作等。

機關黨委：負責機關黨的建設；負責機關日常紀律作風建設和黨員思想政治工作；領導機關紀委和工會、共青團、婦委會工作等。

離退休干部局：負責機關離退休干部（職工）的思想政治工作、黨組織建設工作以及服務與管理工作等。